一九九六年，北京醫科大學(現為北京大學醫學部)王德炳校長、台灣國立陽明大學張心湜校長及香港中文大學醫學院李川軍院長，高瞻遠矚，促成三地院校代表成立海峽兩岸暨香港地區醫學教育協會，在長江三峽遊輪上舉辦了第一屆研討會，隨後每年進行研討會至今，成績蜚然，果碩纍纍。協會在翌年九月註冊為香港法定社團，秘書處設立在香港中文大學。分別由北京大學、台灣陽明大學及香港中文大學一名教授出任為主席團成員。

協會成立至今有四十一間會員院校。每年都舉辦研討會，舉辦研討會地點的一個周期，依次序為內地、內地、香港、內地、內地、台灣，院校藉一年一次的研討會，共同研究值得關注而又合時的醫學教育問題，加強會員院校的聯繫。