学院于 1981 年招收首批医科学生。该院以提供优质医学教育与保健服务，以及促进健康科学而贡献社会。学院有二十多个学系，开设四项学士学位和多项研究院课程，学生可以接受全面的医学科学训练。为切合廿一世纪发展所需，培养医术与医德兼备的医生，我们的内外全科医学士课程自 2001 年起，采用以人体系统为主的综合医学课程，着重早期临床经验和小组教学。我们亦为医学院、护理学院和药剂学院的同学在教学医院 ─ 沙田威尔斯亲王医院提供实习形式的临床授课。
解剖学系
该系是亚洲其中一个最出色的解剖学系，备受国际同行称誉。该系与临床 和临床前期的学系合作广泛。
生物化学系
该系在教学和研究上力臻卓越，并积极进行科技转移和产品开发。该系与商界的联系也日趋紧密。
药理学系
该系教师积极开展各项药物研究，包括呕吐、药物受体讯息、炎症、药物代谢动力和传统中药等。
生理学系
该系提供优质教学，并在本地以及和海外机构合作，开展最先进的研究。
意外及急救医学教学单位
该单位是亚洲首个同类型的单位，亦是香港唯一的急救医学教学单位。该教学单位与世界各地的顶尖急救医学中心已建立联系。
麻醉及深切治疗学系
该系拥有国际性之教职员，其教学与科研均世界知名，专长疼痛医学及复苏医学。
病理解剖及细胞学系
该系设有三个设备先进的服务单位：病理解剖组、血液实验室和骨髓移植实验室。
化学病理学系
该系的实验室获 澳大 利 亚全国测试机构协会及 澳大 利 西亚皇家病理学院认可。
肿瘤学系
该系为癌症患者提供全面优质的治疗，并进行各项地区性及国际性的癌症临床研究，以转化型研究 (translational research) 享誉 。
社区及家庭医学系
该系在公共卫生学的教学及研究上居领导地位，其研究合作伙伴包括政府、世界卫生组织和其他本地及海外组织。
放射诊断学系
该系提供全面的先进影像诊断和介入性放射治疗。
内科及药物治疗学系
该系设有十二个分科，计为：心脏、临床 药理学、皮肤、内分泌、肠胃肝脏、老人、血液、感染及传染病、肾病、脑神经、呼吸系统和风湿病科。
微生物学系
该系先进技术于细菌和病毒的研究上，并把研究与临床应用结合。
妇产科学系
该系提供优质的临床培训，学生会被安排到不同诊所和医院实习。该系的研究涵盖妇产科学各主要范畴。
眼科及视觉科学学系（设于香港眼科医院）
该系为香港中文大学及香港大学医科生提供眼科临床训练，其目标是成为国际卓越的眼科中心。
矫形外科及创伤学系
该系致力为病患者提供一流的医疗服务，并提供优质培训和开展卓越研究。该系教研人员在国际上享有很高的学术和专业声誉。
儿科学系
该系为本科生和研究生提供全面及有系统的培训。该系在临床医学和基本科学研究上素享盛名。
精神科学系
该系为本科生和研究生提供优质培训，并为新界东联网医院提供精神科门诊及联络服务。
外科学系
该系强调在教学和研究方面要不断鼎革创新，为公众提供诚挚尽心的临床服务。
那打素护理学院
该学院提供优质的护理学课程，致力促进香港专业护理的发展。
药剂学院
全球化的经济以知识为基础和以消费为主导，着重保持健康和预防疾病，药剂学院亦因应形势，致力培训新一代的科研人才，研发、筛选和评估新的药物。
公共卫生学院
成立于二零零一年，是香港首间公共卫生学院。该学院藉教学、培训、研究和顾问服务，改善和提高全民健康水平。
