學院於 1981 年招收首批醫科學生。該院以提供優質醫學教育與保健服務，以及促進健康科學而貢獻社會。學院有二十多個學系，開設四項學士學位和多項研究院課程，學生可以接受全面的醫學科學訓練。為切合廿一世紀發展所需，培養醫術與醫德兼備的醫生，我們的內外全科醫學士課程自 2001 年起，採用以人體系統為主的綜合醫學課程，著重早期臨床經驗和小組教學。我們亦為醫學院、護理學院和藥劑學院的同學在教學醫院 ─ 沙田威爾斯親王醫院提供實習形式的臨床授課。
解剖學系
該系是亞洲其中一個最出色的解剖學系，備受國際同行稱譽。該系與臨床 和臨床前期的學系合作廣泛。
生物化學系
該系在教學和研究上力臻卓越，並積極進行科技轉移和產品開發。該系與商界的聯繫也日趨緊密。
藥理學系
該系教師積極開展各項藥物研究，包括嘔吐、藥物受體訊息、炎症、藥物代謝動力和傳統中藥等。
生理學系
該系提供優質教學，並在本地以及和海外機構合作，開展最先進的研究。
意外及急救醫學教學單位
該單位是亞洲首個同類型的單位，亦是香港唯一的急救醫學教學單位。該教學單位與世界各地的頂尖急救醫學中心已建立聯繫。
麻醉及深切治療學系
該系擁有國際性之教職員，其教學與科研均世界知名，專長疼痛醫學及復甦醫學。
病理解剖及細胞學系
該系設有三個設備先進的服務單位：病理解剖組、血液實驗室和骨髓移植實驗室。
化學病理學系
該系的實驗室獲 澳大 利 亞全國測試機構協會及 澳大 利 西亞皇家病理學院認可。
腫瘤學系
該系為癌症患者提供全面優質的治療，並進行各項地區性及國際性的癌症臨床研究，以轉化型研究 (translational research) 享譽 。
社區及家庭醫學系
該系在公共衛生學的教學及研究上居領導地位，其研究合作夥伴包括政府、世界衛生組織和其他本地及海外組織。
放射診斷學系
該系提供全面的先進影像診斷和介入性放射治療。
內科及藥物治療學系
該系設有十二個分科，計為：心臟、臨床 藥理學、皮膚、內分泌、腸胃肝臟、老人、血液、感染及傳染病、腎病、腦神經、呼吸系統和風濕病科。
微生物學系
該系先進技術於細菌和病毒的研究上，並把研究與臨床應用結合。
婦產科學系
該系提供優質的臨床培訓，學生會被安排到不同診所和醫院實習。該系的研究涵蓋婦產科學各主要範疇。
眼科及視覺科學學系（設於香港眼科醫院）
該系為香港中文大學及香港大學醫科生提供眼科臨床訓練，其目標是成為國際卓越的眼科中心。
矯形外科及創傷學系
該系致力為病患者提供一流的醫療服務，並提供優質培訓和開展卓越研究。該系教研人員在國際上享有很高的學術和專業聲譽。
兒科學系
該系為本科生和研究生提供全面及有系統的培訓。該系在臨床醫學和基本科學研究上素享盛名。
精神科學系
該系為本科生和研究生提供優質培訓，並為新界東聯網醫院提供精神科門診及聯絡服務。
外科學系
該系強調在教學和研究方面要不斷鼎革創新，為公眾提供誠摯盡心的臨床服務。
那打素護理學院
該學院提供優質的護理學課程，致力促進香港專業護理的發展。
藥劑學院
全球化的經濟以知識為基礎和以消費為主導，著重保持健康和預防疾病，藥劑學院亦因應形勢，致力培訓新一代的科研人才，研發、篩選和評估新的藥物。
公共衛生學院
成立於二零零一年，是香港首間公共衛生學院。該學院藉教學、培訓、研究和顧問服務，改善和提高全民健康水平。
