首都医科大学原名北京第二医学院，创建于 1960 年 9 月 12 日， 1985 年 8 月 22 日更名为首都医学院， 1986 年 8 月 27 日 , 确定首医为市属重点院校， 1994 年 2 月 5 日经教育部批准 , 更名为首都医科大学，是北京市重点高等院校，著名泌尿外科专家、两院院士，全国人大常委会原副委员长吴阶平教授为首任校长和终身名誉校长。现任党委书记李明研究员，校长吕兆丰教授。
学校依托丰富的、先进的首都卫生资源办学，建立众多附属医院，以培养高层次本科生与研究生为核心、以临床应用型人才为主，兼顾培养预防、康复、生物医学工程和医学基础各学科各层次人才，通过教育教学改革和教学的基本建设，促进了医院医疗、科研、预防保健的全面发展，实现双赢。坚持全方位、多层次、高素质的培养模式，坚持以医学专业为主线，协调发展与医学密切相关的工、理、管和人文社会学科。
学校具有较强的学术发展与科研实力，在校本部和附属医院拥有一批国家级和市级重点学科和重点实验室；建有高水准的国家级或市级研究和培训机构。学校学科专业齐全 , 学科力量雄厚 , 在基础和临床各专业拥有一大批具有很高造诣的专家学者。
学校十分重视对外交流与合作，先后与 20 多个国家和地区签定了友好交流与合作协定。
二十一世纪是生命科学的世纪，全体首医人求真务实、齐心协力、自主创新、和谐发展，正在努力将首都医科大学建设成为立足首都、面向全国、走向世界，国内一流、国际知名的医科大学。
网址： www.ccmu.edu.cn
基础医学院
是全校基础医学教学、科研、师资培养以及社会服务的重要基地。学院现设十个学系，一个教学实验中心下设四个实验室，三个研究所以及生殖医学研究中心、脑功能影像研究中心及临床病理中心。学院共有六个二级学科博士授予权点，两个北京市重点学科，和四个北京市重点建设学科。学院承担了培养各种学制、各种专业、各种层次和各种形式的基础医学教学工作，在教学改革、教材建设、课程建设、教学研究等方面成果显著。学院宣导科研强院之风，坚持学术兴院之路。
公共卫生与家庭医学院
下设三系二室四中心，承担所有专业学生的预防医学、流行病学、卫生统计学、全科医学的教学工作。现有流行病与卫生统计学和卫生毒理学 2 个硕士学位授权点，流行病与卫生统计学学科为北京市重点学科。全科医学学科为首都医科大学特色学科，处于全国领先地位。学院承担全科医学教育培训、科学研究、教育体系建设及对全国其他省份培训中心的指导工作，致力于推进全科医学学科建立和社区卫生服务的发展，为北京市乃至全国培养了大量高品质实用型的预防医学专门人才。
化学生物与药学院
化学生物学与药学院在学校的统一规划下采用医学 + 生物学 + 化学的办学摸式，现已设立五个系和一个实验教学中心，形成了五系一中心的教学建制。学院承担本科生和研究生的教学以及新药研究工作，针对心脑血管疾病、肿瘤及老年性疾病等三大疾病，发展以内源性物质及天然产物为代表的多领域并存的新药研究体系。
生物医学工程学院
学院坚持基础为临床服务、工程技术为生物医学服务的原则，搞好教学和科研建设，以需求为导向开展特色专业教育，并承担着学校各专业各层次的理工类课程教学。
中医药学院
学院共设有中医、中药等 6 个专业及 2 个专业方向，有硕士研究生教育、本科生教育、专科生教育及高等职业技术教育、成人高等教育等多种办学层次。学院充分发挥中医药教育教学优势，在提高办学层次，创办中西医结合专业上做了大量卓有成效的工作。
卫生管理与教育学院
学 院下设五系一部：社会医学与卫生事业管理系、医学人文学系、哲学与社会科学系、应用语言学系、应用体育学系、教育培训部。五个系内共设教研室 15 个，硕士学位授权点 3 个，博导 1 人，硕导 14 人，学院以社会医学与卫生事业管理学为重点，以医学人文学科为特色，共为全校各个层次的学生开设 131 门课程。学院从 2004 年开始招收公共事业管理专业（四年制本科）的学生。
护理学院
学院以本科教育为重点，高职教育为基础，成人教育为延伸的人才培养体系，培养从事临床护理、预防保健、护理管理、护理教学和护理科研的高级专门人才。
燕京医学院
学院紧紧围绕首都医疗卫生事业发展的需要，坚持“三个面向”，即“面向农村、面向基层、面向社区”的办学宗旨，并积极拓展“面向国际”的相关专业人才培养空间，开展医学高等专科教育和相关医学高等本、专科职业教育，已成为为北京农村、基层和社区培养医学人才的基地，为改善首都农村和基层医疗卫生状况发挥着重要的作用。
继续教育学院
学院完全依拖首都医科大学的教育资源办学，承担成人学历教育、非学历教育的任务，也为新疆、青海等西部边远地区代培急需专业人才，开展专科学历教育、本科学历教育、继续医学教育和岗位培训等。学院护理专业曾被北京市教委评为特色专业。
国际学院
负责留学生及外籍教师的教学管理、日常生活等工作，促进对外合作与交流。
宣武医院（第一临床医学院）
是以神经病学、老年医学的临床与研究为特色的北京市三级甲等综合医院，承担着医疗、教学、科研、预防、保健和康复等任务。该学院是新中国神经病学的初创基地之一，承担着我校大专生、本科生、硕士研究生、博士研究生和博士后的培养任务。
附属北京友谊医院 ( 第二临床医学院 )
是北京市三级甲等综合医院。以综合发展的实力为基础，在感染急救、器官移植领域达到国际先进水准，消化疾病、慢性肝病、心血管疾病的诊断治疗处于国内领先水准。承担首都医科大学各层次、各专业的教学任务。
附属北京朝阳医院 ( 第三临床医学院 )
是一所集临床、教学、科研、预防于一体的北京市三级甲等综合医院。呼吸病学、心脏病学、高压氧病学及职业医学等为其特色学科。现有 41 个临床、医技科室，承担着首都医科大学不同层次的、专业的教学任务。
附属北京同仁医院 ( 第四临床医学院 )
是以眼科、耳鼻咽喉科和心血管疾病为重点的北京市三级甲等综合医院。承担着医疗、教学、科研、预防等任务。
附属北京天坛医院 ( 第五临床医学院 )
是一所以神经科学为重点的北京市三级甲等综合医院，北京天坛医院和北京市神经外科研究所是世界三大神经外科研究中心之一、亚洲最大的神经外科临床、科研、教学基地和 WHO 在中国的神经科学培训合作中心，承担着大量的临床教学工作。
附属北京安贞医院 ( 第六临床医学院 )
是以治疗心肺血管疾病为重点的大型三级甲等综合性医院，集医疗、教学、科研、预防、国际交流五位一体，其创始人为我国著名的心脏外科泰斗吴英恺院士。
附属复兴医院 ( 第八临床医学院 )
是集医疗、教学、科研、预防和社区卫生服务为一体的、拥有妇科内镜、心血管防治、急救医学（ ICU ）、月坛社区服务等特色学科的三级综合医院。医院高度重视科教发展，作为首都医科大学第八临床医学院，承担着研究生、五年制本科生、大专生的教学任务，社区卫生服务中心被卫生部及首都医科大学遴选为全科医生培训基地。
附属北京佑安医院（第九临床医学院）
是以感染和传染性疾病群体为服务物件的三级专科甲等医院，集预防、医疗、康复、保健于一体，在肝病、性病与爱滋病、经典感染性疾病、 SARS 等新发传染病的预防、诊断、治疗、研究及管理方面具有突出优势和显著特点。作为首都医科大学临床医学院和卫生部全国传染病医师进修基地，承担着培养临床医学人才，特别是传染病专门人才的重任，是目前国内规模最大的感染性疾病专业本科生、硕士研究生、博士研究生、进修生、留学生的教学与培训基地。
附属北京儿童医院 ( 儿科医学院 )
是全国最大、各科专业齐全的儿科综合性医院。是首都医科大学儿科医学院和附属医院。承担医疗、教学、科研、保健 4 项任务。医院小儿肛肠手术、总胆管手术、脊柱侧弯手术、肢体廷长手术和小儿急性淋巴细胞性白血病、糖尿病、急求等治疗上达到国际水准；小儿肺炎、腹泻、小儿肾病、小儿五官科疾病的治疗，中医治疗婴幼儿黄疸及小儿呼吸道疾病、新生儿 ABO 溶血等居国内先进水准。
附属北京口腔医院 ( 口腔医学院 )
是北京市三级甲等口腔专科医院。设有 7 个教研室、 12 个教学组，是集医疗、教学、科研、预防为一体的综合性口腔医学临床教育基地。
附属北京安定医院 ( 精神卫生学院 )
是一所集医教研防和对外交流于一体的三级甲等医院， 2000 年成为全国第一所精神卫生学院，即首都医科大学精神卫生学院，承担各层次、专业的教学任务。该院一直以生物 — 心理 — 社会的医学模式作为专业建设的指导方针，建立了精神科医师、护士、临床心理治疗师、社会工作者、工娱治疗师五支队伍。
附属北京妇产医院 ( 妇产医学院 )
是以妇产科常见病、多发病和疑难重症为特点的医疗、教学、科研、保健相结合的北京市三级甲等专科医院，是 WHO 母婴和妇女保健研究及培训合作中心。
附属北京中医医院 ( 中医药临床医学院 )
是北京市唯一的一所市属综合性、三级甲等中医医院，设有 26 个临床科室和 70 多个中医专台，承担医疗、教学、科研、预防等任务。
康复医学院（中国康复研究中心）
是由首都医科大学和中国康复研究中心联合创建，是我国规模最大的承担残疾人全面康复、康复科学技术研究、康复人才培养以及资讯与社会服务的综合性康复机构和技术资源中心，是我国唯一的三级甲等康复专科医院。承担着不同层次、不同专业的康复医学教育，已形成多层次、多学科、临床和科研相结合的康复医学教学体系，拥有高水准的师资队伍、较强的教学管理力量和丰富的教学经验。
北京市疾病预防控制中心
与首都医科大学共建公共卫生与家庭医学学院，承担预防医学各专业的本科教学工作。同时还承担预防医学各学科的科学研究以及全市卫生防病资讯的统计、分析等工作。
