首都醫科大學原名北京第二醫學院，創建於 1960 年 9 月 12 日， 1985 年 8 月 22 日更名為首都醫學院， 1986 年 8 月 27 日 , 確定首醫為市屬重點院校， 1994 年 2 月 5 日經教育部批准 , 更名為首都醫科大學，是北京市重點高等院校，著名泌尿外科專家、兩院院士，全國人大常委會原副委員長吳階平教授為首任校長和終身名譽校長。現任黨委書記李明研究員，校長呂兆豐教授。
學校依託豐富的、先進的首都衛生資源辦學，建立眾多附屬醫院，以培養高層次本科生與研究生為核心、以臨床應用型人才為主，兼顧培養預防、康復、生物醫學工程和醫學基礎各學科各層次人才，通過教育教學改革和教學的基本建設，促進了醫院醫療、科研、預防保健的全面發展，實現雙贏。堅持全方位、多層次、高素質的培養模式，堅持以醫學專業為主線，協調發展與醫學密切相關的工、理、管和人文社會學科。
學校具有較強的學術發展與科研實力，在校本部和附屬醫院擁有一批國家級和市級重點學科和重點實驗室；建有高水準的國家級或市級研究和培訓機構。學校學科專業齊全 , 學科力量雄厚 , 在基礎和臨床各專業擁有一大批具有很高造詣的專家學者。
學校十分重視對外交流與合作，先後與 20 多個國家和地區簽定了友好交流與合作協定。
二十一世紀是生命科學的世紀，全體首醫人求真務實、齊心協力、自主創新、和諧發展，正在努力將首都醫科大學建設成為立足首都、面向全國、走向世界，國內一流、國際知名的醫科大學。
網址： www.ccmu.edu.cn
基礎醫學院
是全校基礎醫學教學、科研、師資培養以及社會服務的重要基地。學院現設十個學系，一個教學實驗中心下設四個實驗室，三個研究所以及生殖醫學研究中心、腦功能影像研究中心及臨床病理中心。學院共有六個二級學科博士授予權點，兩個北京市重點學科，和四個北京市重點建設學科。學院承擔了培養各種學制、各種專業、各種層次和各種形式的基礎醫學教學工作，在教學改革、教材建設、課程建設、教學研究等方面成果顯著。學院宣導科研強院之風，堅持學術興院之路。
公共衛生與家庭醫學院
下設三系二室四中心，承擔所有專業學生的預防醫學、流行病學、衛生統計學、全科醫學的教學工作。現有流行病與衛生統計學和衛生毒理學 2 個碩士學位授權點，流行病與衛生統計學學科為北京市重點學科。全科醫學學科為首都醫科大學特色學科，處於全國領先地位。學院承擔全科醫學教育培訓、科學研究、教育體系建設及對全國其他省份培訓中心的指導工作，致力於推進全科醫學學科建立和社區衛生服務的發展，為北京市乃至全國培養了大量高品質實用型的預防醫學專門人才。
化學生物與藥學院
化學生物學與藥學院在學校的統一規劃下採用醫學 + 生物學 + 化學的辦學摸式，現已設立五個系和一個實驗教學中心，形成了五系一中心的教學建制。學院承擔本科生和研究生的教學以及新藥研究工作，針對心腦血管疾病、腫瘤及老年性疾病等三大疾病，發展以內源性物質及天然產物為代表的多領域並存的新藥研究體系。
生物醫學工程學院
學院堅持基礎為臨床服務、工程技術為生物醫學服務的原則，搞好教學和科研建設，以需求為導向開展特色專業教育，並承擔著學校各專業各層次的理工類課程教學。
中醫藥學院
學院共設有中醫、中藥等 6 個專業及 2 個專業方向，有碩士研究生教育、本科生教育、專科生教育及高等職業技術教育、成人高等教育等多種辦學層次。學院充分發揮中醫藥教育教學優勢，在提高辦學層次，創辦中西醫結合專業上做了大量卓有成效的工作。
衛生管理與教育學院
學 院下設五系一部：社會醫學與衛生事業管理系、醫學人文學系、哲學與社會科學系、應用語言學系、應用體育學系、教育培訓部。五個系內共設教研室 15 個，碩士學位授權點 3 個，博導 1 人，碩導 14 人，學院以社會醫學與衛生事業管理學為重點，以醫學人文學科為特色，共為全校各個層次的學生開設 131 門課程。學院從 2004 年開始招收公共事業管理專業（四年制本科）的學生。
護理學院
學院以本科教育為重點，高職教育為基礎，成人教育為延伸的人才培養體系，培養從事臨床護理、預防保健、護理管理、護理教學和護理科研的高級專門人才。
燕京醫學院
學院緊緊圍繞首都醫療衛生事業發展的需要，堅持“三個面向”，即“面向農村、面向基層、面向社區”的辦學宗旨，並積極拓展“面向國際”的相關專業人才培養空間，開展醫學高等專科教育和相關醫學高等本、專科職業教育，已成為為北京農村、基層和社區培養醫學人才的基地，為改善首都農村和基層醫療衛生狀況發揮著重要的作用。
繼續教育學院
學院完全依拖首都醫科大學的教育資源辦學，承擔成人學歷教育、非學歷教育的任務，也為新疆、青海等西部邊遠地區代培急需專業人才，開展專科學歷教育、本科學歷教育、繼續醫學教育和崗位培訓等。學院護理專業曾被北京市教委評為特色專業。
國際學院
負責留學生及外籍教師的教學管理、日常生活等工作，促進對外合作與交流。
宣武醫院（第一臨床醫學院）
是以神經病學、老年醫學的臨床與研究為特色的北京市三級甲等綜合醫院，承擔著醫療、教學、科研、預防、保健和康復等任務。該學院是新中國神經病學的初創基地之一，承擔著我校大專生、本科生、碩士研究生、博士研究生和博士後的培養任務。
附屬北京友誼醫院 ( 第二臨床醫學院 )
是北京市三級甲等綜合醫院。以綜合發展的實力為基礎，在感染急救、器官移植領域達到國際先進水準，消化疾病、慢性肝病、心血管疾病的診斷治療處於國內領先水準。承擔首都醫科大學各層次、各專業的教學任務。
附屬北京朝陽醫院 ( 第三臨床醫學院 )
是一所集臨床、教學、科研、預防於一體的北京市三級甲等綜合醫院。呼吸病學、心臟病學、高壓氧病學及職業醫學等為其特色學科。現有 41 個臨床、醫技科室，承擔著首都醫科大學不同層次的、專業的教學任務。
附屬北京同仁醫院 ( 第四臨床醫學院 )
是以眼科、耳鼻咽喉科和心血管疾病為重點的北京市三級甲等綜合醫院。承擔著醫療、教學、科研、預防等任務。
附屬北京天壇醫院 ( 第五臨床醫學院 )
是一所以神經科學為重點的北京市三級甲等綜合醫院，北京天壇醫院和北京市神經外科研究所是世界三大神經外科研究中心之一、亞洲最大的神經外科臨床、科研、教學基地和 WHO 在中國的神經科學培訓合作中心，承擔著大量的臨床教學工作。
附屬北京安貞醫院 ( 第六臨床醫學院 )
是以治療心肺血管疾病為重點的大型三級甲等綜合性醫院，集醫療、教學、科研、預防、國際交流五位一體，其創始人為我國著名的心臟外科泰斗吳英愷院士。
附屬復興醫院 ( 第八臨床醫學院 )
是集醫療、教學、科研、預防和社區衛生服務為一體的、擁有婦科內鏡、心血管防治、急救醫學（ ICU ）、月壇社區服務等特色學科的三級綜合醫院。醫院高度重視科教發展，作為首都醫科大學第八臨床醫學院，承擔著研究生、五年制本科生、大專生的教學任務，社區衛生服務中心被衛生部及首都醫科大學遴選為全科醫生培訓基地。
附屬北京佑安醫院（第九臨床醫學院）
是以感染和傳染性疾病群體為服務物件的三級專科甲等醫院，集預防、醫療、康復、保健於一體，在肝病、性病與愛滋病、經典感染性疾病、 SARS 等新發傳染病的預防、診斷、治療、研究及管理方面具有突出優勢和顯著特點。作為首都醫科大學臨床醫學院和衛生部全國傳染病醫師進修基地，承擔著培養臨床醫學人才，特別是傳染病專門人才的重任，是目前國內規模最大的感染性疾病專業本科生、碩士研究生、博士研究生、進修生、留學生的教學與培訓基地。
附屬北京兒童醫院 ( 兒科醫學院 )
是全國最大、各科專業齊全的兒科綜合性醫院。是首都醫科大學兒科醫學院和附屬醫院。承擔醫療、教學、科研、保健 4 項任務。醫院小兒肛腸手術、總膽管手術、脊柱側彎手術、肢體廷長手術和小兒急性淋巴細胞性白血病、糖尿病、急求等治療上達到國際水準；小兒肺炎、腹瀉、小兒腎病、小兒五官科疾病的治療，中醫治療嬰幼兒黃疸及小兒呼吸道疾病、新生兒 ABO 溶血等居國內先進水準。
附屬北京口腔醫院 ( 口腔醫學院 )
是北京市三級甲等口腔專科醫院。設有 7 個教研室、 12 個教學組，是集醫療、教學、科研、預防為一體的綜合性口腔醫學臨床教育基地。
附屬北京安定醫院 ( 精神衛生學院 )
是一所集醫教研防和對外交流於一體的三級甲等醫院， 2000 年成為全國第一所精神衛生學院，即首都醫科大學精神衛生學院，承擔各層次、專業的教學任務。該院一直以生物 — 心理 — 社會的醫學模式作為專業建設的指導方針，建立了精神科醫師、護士、臨床心理治療師、社會工作者、工娛治療師五支隊伍。
附屬北京婦產醫院 ( 婦產醫學院 )
是以婦產科常見病、多發病和疑難重症為特點的醫療、教學、科研、保健相結合的北京市三級甲等專科醫院，是 WHO 母嬰和婦女保健研究及培訓合作中心。
附屬北京中醫醫院 ( 中醫藥臨床醫學院 )
是北京市唯一的一所市屬綜合性、三級甲等中醫醫院，設有 26 個臨床科室和 70 多個中醫專台，承擔醫療、教學、科研、預防等任務。
康復醫學院（中國康復研究中心）
是由首都醫科大學和中國康復研究中心聯合創建，是我國規模最大的承擔殘疾人全面康復、康復科學技術研究、康復人才培養以及資訊與社會服務的綜合性康復機構和技術資源中心，是我國唯一的三級甲等康復專科醫院。承擔著不同層次、不同專業的康復醫學教育，已形成多層次、多學科、臨床和科研相結合的康復醫學教學體系，擁有高水準的師資隊伍、較強的教學管理力量和豐富的教學經驗。
北京市疾病預防控制中心
與首都醫科大學共建公共衛生與家庭醫學學院，承擔預防醫學各專業的本科教學工作。同時還承擔預防醫學各學科的科學研究以及全市衛生防病資訊的統計、分析等工作。
