创建于 19 、 20 世纪之交的圣约翰大学医学院 （ 1896 —— 1952 ） 、震旦大学医学院 （ 1911 —— 1952 ） 和同德医学院 （ 1918 —— 1952 ） 三座古老的医学殿堂于 1952 年合并成立了上海第二医学院， 1985 年改名为上海第二医科大学。 2005 年 7 月，上海市人民政府和教育部签署协定上海交通大学和上海第二医科大学合并，成立新上海交通大学，原上海交通大学医学院并入上海第二医科大学成立新上海交通大学医学院。
在一百多年办学历史和五十多年建校历程中，医学院坚持发扬 “海纳百川、博采众长” 的优良传统；大力弘扬“博极医源、精勤不倦”的医学院精神，逐渐形成了富有自身特点的办学风格和特色，为上海和全国输送了 30000 余名医学人才。原上海第二医科大学是教育部本科教育教学评估“优秀”学校。
医学院临床医学教育师资力量强，临床医学教学条件优裕。学院现有教职医护员工 21000 余人，其中具有高级职称的在职人员 2438 名；中国科学院院士 1 人，中国工程院院士 10 人，国家“ 973 ”专案首席科学家 4 人（ 6 项），长江学者计划特聘教授 6 人；长江学者计划讲座教授 1 人；“长江计划”创新团队 1 个。学院现有基础医学院、临床医学院、口腔医学院、公共卫生学院、护理学院和检验系、营养系、生物医学工程系、药学系等 19 个二级学院（系）， 7 所综合性附属医院及 5 所专科性附属医院。有八年制（授博士学位）临床医学专业、七年制（授硕士学位）临床医学和口腔医学专业及临床、口腔、医学检验、护理、生物医学工程、公共事业管理、营养、市场营销、药学 9 个本科专业。有博士后流动站 4 个，一级学科博士点 5 个，二级学科博士点 31 个，一级学科硕士点 3 个，二级学科硕士点 45 个。目前在校本科及以上学生 6204 名，其中研究生占近 45 ％。
医学院学科优势明显，科研成果卓著，科研专案经费数始终在国内医学院校中处于领先地位。现有国家教育部重点学科 6 个，上海市重点学科 11 个（其中“重中之重”学科 2 个），上海市教委重点学科 23 个，上海市医学领先专业重点学科 9 个，上海市临床医学中心 16 个。有国家重点实验室和工程中心 3 个，教育部重点实验室和工程中心 3 个，卫生部重点实验室 5 个，上海市重点实验室 13 个，世界卫生组织（ WHO ）合作中心 3 个，上海市级研究所 21 个； 10 个学科列入“ 211 工程”重点建设。科研项目、科研经费及国家重大重点项目承担数在全国医学院校中处于领先地位。
★ 基础医学院
基础医学院创建于 1955 年 8 月 26 日的上海第二医学院基础医学部。学院现有 21 个教研室、联国世界卫生组织免疫遗传学和免疫病理学合作中心、卫生部法语培训中心、上海市免疫学研究所、上海生物医学工程研究所、上海市生殖医学研究与培训中心、上海交通大学医学院基因治疗中心、上海交通大学药物研究所和上海交通大学基础医学研究中心。
学院现有教职员工 407 名，其中正、副教授 112 名。学院承担了培养各种学制（四、五、七、八年），各种专业 ( 临床医学、口腔医学、临床医学法语班、生物医学工程、药学、医学检验、护理、公共事业管理、营养、预防医学 ) 、各种层次和各种形式的基础医学教学工作。
★ 临床医学院
瑞金临床医学院 设在瑞金医院内，是上海交通大学医学院规模最大，学生数最多的临床医学院。每年接纳的学生有硕、博连读的八年制班，学、硕连读七年制学生，有中法合办学的法语班学生、临床医学本科、检验专业本科、护理专业本科学生等。学院每年还接受自非洲、中东及东南亚国家的留学生。
学院师资力量雄厚，注重教学质量，尤其是对学生进入临床学习的综合能力培养，在课程设置上注意用心理社会学与人文学科紧密结合，根据病人的心理，社会需求，环境状况与预期结果等内容制定技术操作标准。
仁济临床医学院 依托上海市历史最悠久的三级甲等医院仁济医院，延续并发展着严谨的教学作风和优良的教学传统，学院设有 18 个教研室。在浦东仁济医院有 6400 平方米的一幢专用教学楼。
学院每年接受上海交通大学医学院五年制、七年制、八年制医学生 350-500 人。仁济临床医学院重视教学改革与研究，“十五”期间共有国家级教学研究课题 5 项，获得上海市级以上教学成果奖共 7 个。学院的内科学、妇产科学被评为上海市临床医学专业教育高地建设的重点学科。
新华临床医学院 在上海交通大学医学院附属新华医院内，学院承担八年制临床医学（儿科学课程）、七年制临床医学专业、五年制临床医学专业等教学任务。新华临床医学院拥有较先进教学设施。有临床教学实训中心，设有一整套先进的外科手术即时转播系统，涵盖外科大楼 10 个楼面，可供外科及其他教研室的临床医生和实习生进行即时手术教学。
九院临床医学院 成立于 1995 年，共有诊断、内、外、妇、儿等 15 个教研室，承担着上海交通大学医学院临床医学本科、七年制和八年制、口腔医学本科和七年制学生的临床理论授课、见习和实习工作。九院临床医学院有上海市临床整复外科医学中心和上海市临床关节外科医学中心。整复外科学、骨科和血管外科学是国家“ 211 ”工程建设的重点学科，整复外科学是上海市教委重点学科，其中组织工程学是上海市“重中之重”学科，并设有上海市整形外科研究所和上海市整形美容医疗质量控制中心。
六院临床医学院 坐落于全国文明单位——上海交通大学附属第六人民医院内，现有核定教学床位 1128 张，设 17 个教研室（组）。该院是我国断肢再植、超声诊断学的摇篮，其创伤骨科、糖尿病临床诊治和超声诊断等学科水平居国家前列。现有教师中，中国工程院院士 1 名，高级职称 242 名。成立二十多年来，学院共培养本科、七年制学生 1300 余人。
★ 口腔医学院
口腔医学院前身是建立于 1932 年的震旦大学牙医系。 1952 年建立了上海第二医学院口腔医学系，是新中国成立之后全国最早建立的四个口腔医学系之一。
目前学院设有口腔颌面外科学教研室、口腔内科学教研室、口腔修复学教研室、口腔正畸学教研室、口腔儿童教研室、口腔预防教研室。口腔基础教研室一个，涵盖口腔生理学、口腔解剖学、口腔专业外语、口腔临床免疫学、口腔药理学、口腔生物学、口腔组织病理学、口腔材料学 8 个教学组。口腔颌面外科学为国家“ 211 工程”重点学科、上海市重点学科和上海市教委精品课程。口腔医学院现有中国工程院士三名，“ 973 ”项目首席科学家一名，博士生导师 19 名。
★ 公共卫生学院
公共卫生学院（及其前身）经过近二十年的发展，现有卫生管理、公共卫生、医学相关学科等学科群，已开设预防医学、卫生管理、医药营销三个本科专业；有社会医学与卫生事业管理、环境与劳动卫生以及食品与营养卫生三个硕士研究生学位授予点；并与上海交通大学安泰管理学院共同培养医院管理博士研究生。截至 2005 年底，学院已培养卫生管理专业本科毕业生 300 余人，硕士研究生 50 余人。
★ 护理学院
上海交通大学护理学院的前身是上海第二医科大学瑞金临床医学院护理系，创建于 1985 年，为全国最早恢复护理本科教育的院系之一。目前护理学院具有学士和硕士学位授予权，致力于培养多层次护理人才。至今已为上海和全国各地输送全日制护理专科和本科及研究生共 500 余人。学院积极与澳大利亚、美国、英国、荷兰、挪威等国家的优秀护理院校洽谈和建立合作办学专案。
★ 检验系
检验系建立于 1983 年，是国内首批创办本科医学检验教育的高等医学院校之一。检验系目前有专职教师和附属医院兼聘教授三十多名，办学能力在国内同行中堪称一流，承担医学检验专业全日制本科外，还承担医学院各系五年制、七年制、八年制英语班、法语班和硕士研究生的实验诊断学的教学。检验系还是“临床核对总和实验诊断学”的硕士学位授予点和我国为数不多的该专业博士学位授予点之一。
★ 营养系
营养系成立于 2004 年 12 月，已培养和正在培养的硕士研究生有十多名。
营养系有专职教师 5 名，新华、瑞金、仁济等附属医院营养中心或临床营养科兼职教师 8 名，交大其他学院、系的兼职教师多名。教师中绝大部分为中青年教师，营养系是上海市医学重点学科—营养卫生学科的重要组成部分，拥有一支训练有素、富有创新精神的科研队伍。
★ 药学系
药学系筹建于 2003 年。药学系是在医学院药物研究所的基础上整合了原上海第二医科大学药理学、医学化学及医学相关学科的教学和研究资源，以上海交通大学医学院的综合力量为依托组建而成。药学系教授在药学领域享有较高的知名度，并兼任重要学术职务。药学系现设本科药学专业、药物化学及药理学硕士点和药理学博士点。近年来，在肿瘤靶向治疗，神经营养和神经保护作用中药药理等方面开展了重点研究。目前承担了国家、教育部、上海市等各类科研课题二十余项。
