創建於 19 、 20 世紀之交的聖約翰大學醫學院 （ 1896 —— 1952 ） 、震旦大學醫學院 （ 1911 —— 1952 ） 和同德醫學院 （ 1918 —— 1952 ） 三座古老的醫學殿堂於 1952 年合併成立了上海第二醫學院， 1985 年改名為上海第二醫科大學。 2005 年 7 月，上海市人民政府和教育部簽署協定上海交通大學和上海第二醫科大學合併，成立新上海交通大學，原上海交通大學醫學院併入上海第二醫科大學成立新上海交通大學醫學院。
在一百多年辦學歷史和五十多年建校歷程中，醫學院堅持發揚 “海納百川、博採眾長” 的優良傳統；大力弘揚“博極醫源、精勤不倦”的醫學院精神，逐漸形成了富有自身特點的辦學風格和特色，為上海和全國輸送了 30000 余名醫學人才。原上海第二醫科大學是教育部本科教育教學評估“優秀”學校。
醫學院臨床醫學教育師資力量強，臨床醫學教學條件優裕。學院現有教職醫護員工 21000 餘人，其中具有高級職稱的在職人員 2438 名；中國科學院院士 1 人，中國工程院院士 10 人，國家“ 973 ”專案首席科學家 4 人（ 6 項），長江學者計畫特聘教授 6 人；長江學者計畫講座教授 1 人；“長江計畫”創新團隊 1 個。學院現有基礎醫學院、臨床醫學院、口腔醫學院、公共衛生學院、護理學院和檢驗系、營養系、生物醫學工程系、藥學系等 19 個二級學院（系）， 7 所綜合性附屬醫院及 5 所專科性附屬醫院。有八年制（授博士學位）臨床醫學專業、七年制（授碩士學位）臨床醫學和口腔醫學專業及臨床、口腔、醫學檢驗、護理、生物醫學工程、公共事業管理、營養、市場營銷、藥學 9 個本科專業。有博士後流動站 4 個，一級學科博士點 5 個，二級學科博士點 31 個，一級學科碩士點 3 個，二級學科碩士點 45 個。目前在校本科及以上學生 6204 名，其中研究生占近 45 ％。
醫學院學科優勢明顯，科研成果卓著，科研專案經費數始終在國內醫學院校中處於領先地位。現有國家教育部重點學科 6 個，上海市重點學科 11 個（其中“重中之重”學科 2 個），上海市教委重點學科 23 個，上海市醫學領先專業重點學科 9 個，上海市臨床醫學中心 16 個。有國家重點實驗室和工程中心 3 個，教育部重點實驗室和工程中心 3 個，衛生部重點實驗室 5 個，上海市重點實驗室 13 個，世界衛生組織（ WHO ）合作中心 3 個，上海市級研究所 21 個； 10 個學科列入“ 211 工程”重點建設。科研項目、科研經費及國家重大重點項目承擔數在全國醫學院校中處於領先地位。
★ 基礎醫學院
基礎醫學院創建於 1955 年 8 月 26 日的上海第二醫學院基礎醫學部。學院現有 21 個教研室、聯國世界衛生組織免疫遺傳學和免疫病理學合作中心、衛生部法語培訓中心、上海市免疫學研究所、上海生物醫學工程研究所、上海市生殖醫學研究與培訓中心、上海交通大學醫學院基因治療中心、上海交通大學藥物研究所和上海交通大學基礎醫學研究中心。
學院現有教職員工 407 名，其中正、副教授 112 名。學院承擔了培養各種學制（四、五、七、八年），各種專業 ( 臨床醫學、口腔醫學、臨床醫學法語班、生物醫學工程、藥學、醫學檢驗、護理、公共事業管理、營養、預防醫學 ) 、各種層次和各種形式的基礎醫學教學工作。
★ 臨床醫學院
瑞金臨床醫學院 設在瑞金醫院內，是上海交通大學醫學院規模最大，學生數最多的臨床醫學院。每年接納的學生有碩、博連讀的八年制班，學、碩連讀七年制學生，有中法合辦學的法語班學生、臨床醫學本科、檢驗專業本科、護理專業本科學生等。學院每年還接受自非洲、中東及東南亞國家的留學生。
學院師資力量雄厚，注重教學質量，尤其是對學生進入臨床學習的綜合能力培養，在課程設置上注意用心理社會學與人文學科緊密結合，根據病人的心理，社會需求，環境狀況與預期結果等內容制定技術操作標準。
仁濟臨床醫學院 依託上海市歷史最悠久的三級甲等醫院仁濟醫院，延續並發展著嚴謹的教學作風和優良的教學傳統，學院設有 18 個教研室。在浦東仁濟醫院有 6400 平方米的一幢專用教學樓。
學院每年接受上海交通大學醫學院五年制、七年制、八年制醫學生 350-500 人。仁濟臨床醫學院重視教學改革與研究，“十五”期間共有國家級教學研究課題 5 項，獲得上海市級以上教學成果獎共 7 個。學院的內科學、婦產科學被評為上海市臨床醫學專業教育高地建設的重點學科。
新華臨床醫學院 在上海交通大學醫學院附屬新華醫院內，學院承擔八年制臨床醫學（兒科學課程）、七年制臨床醫學專業、五年制臨床醫學專業等教學任務。新華臨床醫學院擁有較先進教學設施。有臨床教學實訓中心，設有一整套先進的外科手術即時轉播系統，涵蓋外科大樓 10 個樓面，可供外科及其他教研室的臨床醫生和實習生進行即時手術教學。
九院臨床醫學院 成立於 1995 年，共有診斷、內、外、婦、兒等 15 個教研室，承擔著上海交通大學醫學院臨床醫學本科、七年制和八年制、口腔醫學本科和七年制學生的臨床理論授課、見習和實習工作。九院臨床醫學院有上海市臨床整複外科醫學中心和上海市臨床關節外科醫學中心。整複外科學、骨科和血管外科學是國家“ 211 ”工程建設的重點學科，整複外科學是上海市教委重點學科，其中組織工程學是上海市“重中之重”學科，並設有上海市整形外科研究所和上海市整形美容醫療質量控制中心。
六院臨床醫學院 坐落于全國文明單位——上海交通大學附屬第六人民醫院內，現有核定教學床位 1128 張，設 17 個教研室（組）。該院是我國斷肢再植、超聲診斷學的搖籃，其創傷骨科、糖尿病臨床診治和超聲診斷等學科水平居國家前列。現有教師中，中國工程院院士 1 名，高級職稱 242 名。成立二十多年來，學院共培養本科、七年制學生 1300 余人。
★ 口腔醫學院
口腔醫學院前身是建立於 1932 年的震旦大學牙醫系。 1952 年建立了上海第二醫學院口腔醫學系，是新中國成立之後全國最早建立的四個口腔醫學系之一。
目前學院設有口腔頜面外科學教研室、口腔內科學教研室、口腔修復學教研室、口腔正畸學教研室、口腔兒童教研室、口腔預防教研室。口腔基礎教研室一個，涵蓋口腔生理學、口腔解剖學、口腔專業外語、口腔臨床免疫學、口腔藥理學、口腔生物學、口腔組織病理學、口腔材料學 8 個教學組。口腔頜面外科學為國家“ 211 工程”重點學科、上海市重點學科和上海市教委精品課程。口腔醫學院現有中國工程院士三名，“ 973 ”項目首席科學家一名，博士生導師 19 名。
★ 公共衛生學院
公共衛生學院（及其前身）經過近二十年的發展，現有衛生管理、公共衛生、醫學相關學科等學科群，已開設預防醫學、衛生管理、醫藥營銷三個本科專業；有社會醫學與衛生事業管理、環境與勞動衛生以及食品與營養衛生三個碩士研究生學位授予點；並與上海交通大學安泰管理學院共同培養醫院管理博士研究生。截至 2005 年底，學院已培養衛生管理專業本科畢業生 300 余人，碩士研究生 50 余人。
★ 護理學院
上海交通大學護理學院的前身是上海第二醫科大學瑞金臨床醫學院護理系，創建於 1985 年，為全國最早恢復護理本科教育的院系之一。目前護理學院具有學士和碩士學位授予權，致力於培養多層次護理人才。至今已為上海和全國各地輸送全日制護理專科和本科及研究生共 500 余人。學院積極與澳大利亞、美國、英國、荷蘭、挪威等國家的優秀護理院校洽談和建立合作辦學專案。
★ 檢驗系
檢驗系建立於 1983 年，是國內首批創辦本科醫學檢驗教育的高等醫學院校之一。檢驗系目前有專職教師和附屬醫院兼聘教授三十多名，辦學能力在國內同行中堪稱一流，承擔醫學檢驗專業全日制本科外，還承擔醫學院各系五年制、七年制、八年制英語班、法語班和碩士研究生的實驗診斷學的教學。檢驗系還是“臨床核對總和實驗診斷學”的碩士學位授予點和我國為數不多的該專業博士學位授予點之一。
★ 營養系
營養系成立於 2004 年 12 月，已培養和正在培養的碩士研究生有十多名。
營養系有專職教師 5 名，新華、瑞金、仁濟等附屬醫院營養中心或臨床營養科兼職教師 8 名，交大其他學院、系的兼職教師多名。教師中絕大部分為中青年教師，營養系是上海市醫學重點學科—營養衛生學科的重要組成部分，擁有一支訓練有素、富有創新精神的科研隊伍。
★ 藥學系
藥學系籌建於 2003 年。藥學系是在醫學院藥物研究所的基礎上整合了原上海第二醫科大學藥理學、醫學化學及醫學相關學科的教學和研究資源，以上海交通大學醫學院的綜合力量為依託組建而成。藥學系教授在藥學領域享有較高的知名度，並兼任重要學術職務。藥學系現設本科藥學專業、藥物化學及藥理學碩士點和藥理學博士點。近年來，在腫瘤靶向治療，神經營養和神經保護作用中藥藥理等方面開展了重點研究。目前承擔了國家、教育部、上海市等各類科研課題二十余項。
