西安交通大學醫學中心（原西安醫科大學）為社會尤其是西北地方提供優質的醫學教育及臨床醫療服務，是國家醫學重點院校之一，西北地方首選。該校創建於 1937 年。 70 年來已為國家培養四萬餘名醫學專門人才，所培養學生素以基本功扎實、操作能力強而聞名。設有醫學院、附屬第一、二醫院和附屬口腔醫院，共有 9 個國家、省部級重點學科。有博士點 19 個，碩士點 41 個。目前開設臨床醫學等八項學士學位和多項研究生課程，另設七年制臨床醫學本碩連讀課程。本年度將啟動以我國生理學創始人之一、前任院 ( 校 ) 長 侯宗濂 教授名字命名的“宗濂醫學班”——八年制本碩博連讀課程。
生理學與病理生理學系
該系為著名生理學家 侯宗濂 教授初創，在國內外享有盛譽。該系在痛覺、味覺、肌梭功能、學習記憶及心臟病理生理方面之研究，基礎雄厚，處於國家先進行列。
遺傳學與分子生物學系
該系在教學與科研上力求卓越，科研實力雄厚，成果顯著。
免疫學與病原生物學系
該系是陝西省及學校重點學科。教學與科研實力雄厚，在腫瘤病毒分子遺傳學與免疫生理學等方面研究，卓有建樹。
法醫學系
該系為法醫學國家重點學科，其教學與科研實力在國內名列前茅。曾參與國際人類基因組科研課題。該系注重為社會服務，設立全國法醫幹部培訓中心、法醫學司法鑒定中心。
人體解剖學與組織胚胎學系
該系除提供優質教學外，在神經血管偶聯、腦損傷和修復等數項實驗研究中，獲得過重要研究成果，其殺精避孕劑的研究屬國際領先水準。
公共衛生系
該系適應時代的要求，廣泛開展公共衛生與預防醫學方面的研究，且成果斐然。該系注重與國際同行的合作交流。
藥理學系
該系師資實力雄厚，開展離子通道藥理學、細胞與分子受體學、心腦缺血與抗心腦缺血藥物、血管藥理學等方向的研究。
病理學系
該系集傳統病理學與現代病理學、分子病理學于一體，擁有在分子、細胞、器官及整體水準上進行綜合性、系統性研究的能力
護理系
該系是國家建立最早、實力很強的本科護理專業教育基地之一，亦是國家首批護理碩士培養基地之一。該系與美國、加拿大、泰國及香港等同類院校有廣泛的合作。
藥學系
該系承擔藥物分析、生藥學、藥劑學、藥事管理等優質課程。有國家中醫藥管理局中藥分析等重點實驗室。
附屬第一醫院
該院始建於 1956 年，是西北地方最大的衛生部直屬綜合性三甲醫院，素以醫術精湛、治學嚴謹、優質服務在廣大群眾中享有很高聲譽。該院有 1 個教育部重點實驗室（心內科實驗室）， 5 個衛生部臨床學科建設重點項目， 3 個省級重點學科（心內科、泌尿外科、婦產科）， 5 個省級優勢學科（影像醫學、普通外科學、傳染病學、腫瘤學、神經外科學）。該院各種內鏡、腔鏡診療技術，血液淨化治療方式（如：血液透析、腹膜透析、血漿置換、人工技術），腎移植、肝移植、骨髓移植、小腸移植、心臟移植等器官移植技術，各種介入治療方法，微創外科治療技術，伽瑪刀等先進診療技術的廣泛開展，使醫院在疾病的診治上具有突出優勢。該院綜合實力在全國處於先進水準，心血管疾病、腎臟移植、血液疾病、麻醉、病理、護理、消毒供應 7 個專業為陝西省醫院品質控制中心，部分醫療技術專案已達國內或西北地方領先水準。
附屬第二醫院
該院創建於 1938 年，是衛生部直屬的一所集醫療、教學、科研、預防保健及社區服務為一體的大型綜合性國家三級甲等醫院。同時也是國家藥理實驗基地、衛生部國際緊急救援中心網路醫院、衛生部與聯合國兒童基金會及世界衛生組織愛嬰醫院。 該院在近 70 年的創業歷程中形成了自己獨特的醫療特色和醫德傳統，在西北地方乃至全國始終享有較高的學術地位和知名度。在皮膚科學、骨科學、耳鼻喉科學、眼科學等診療與臨床教學領域中，有明顯優勢。
附屬口腔醫院
該院是衛生部直屬的集教學、醫療、科研、預防和保健為一體的口腔專科醫院，是西北地方口腔醫學專業師資培訓中心，及衛生部口腔醫學繼續教育基地之一，為陝西省口腔醫療品質控制中心、陝西省牙病防治指導小組掛靠單位。該院在耳鼻器官再造、頜面外科整形美容、頭頸部腫瘤、顳頜關節紊亂症、牙周病、口腔粘膜病、義齒修復、牙列正畸、牙種植、小兒牙病等疑難雜病的診斷、治療和技術方面具有特色，處於國內先進行列。
